Die Meridiane verlaufen in den verschiedenen Bereichen des Körpers in unterschiedlicher Tiefe. Das Meridiansystem besteht aus 12 Hauptleitbahnen, den sogenannten Organmeridianen. Diese sind jeweils einem Organ zugeordnet. Diese Organe sind nicht gleichzusetzen mit dem Organbegriff in der westlichen Medizin, sondern Bezeichnungen für Funktionskreise. Jeder Meridian ist mit seinem zugeordneten Organ durch einen tiefen Ast verbunden. Auf den Meridianen liegen die Akupunkturpunkte (Tsubos), diese werden beim Shiatsu gedrückt und stimuliert. So wirkt sich eine Behandlung an der Oberfläche des Körpers auf das Innere aus.